Изучение аналогий между проблемами и методами анализа символьных последовательностей из различных прикладных областей является весьма продуктивным. В частности, для анализа текстов на естественных языках, которые являются одним из главных объектов анализа в информационных технологиях, полезно знакомство с методами и подходами к анализу символьных последовательностей, выработанными в биологии. Это связано как с аналогиями между биологическими и естественными текстами, так и, прежде всего, с тем, что именно в биоинформатике разработка методов анализа последовательностей в последние годы происходила наиболее интенсивно.

В предлагаемом мини-курсе предполагается рассмотреть следующие темы:

• обобщения задачи поиска оптимальных путей в графах (гиперграфы, статистические суммы, полукольца) — как алгоритмическая основа многих задач анализа символьных последовательностей;

• скрытые марковские модели и их использование для анализа символьных последовательностей;

• примеры из биологии (сравнительная геномика, распознавание функционально значимых областей) и лингвистики (порождающие грамматики, коллокации, анализ потоков сообщений).